Musholla Madrasah Ibtidaiyah Negeri 1 Kulon Progo menjadi salah satu fasilitas penting yang berada di dalam kompleks madrasah. Tempat ibadah ini berfungsi sebagai pusat kegiatan keagamaan bagi seluruh guru, tenaga kependidikan, dan siswa. Setiap pagi, musholla digunakan untuk melaksanakan salat dhuha secara berjamaah yang diikuti oleh peserta didik dan guru. Kegiatan ini menjadi salah satu upaya madrasah dalam membentuk karakter religius dan menanamkan kebiasaan beribadah sejak dini.

Selain salat dhuha, musholla juga menjadi tempat pelaksanaan salat zuhur dan asar secara berjamaah. Pada waktu-waktu tersebut, para guru dan siswa berkumpul untuk menunaikan ibadah dengan tertib dan khusyuk. Jadwal imam salat diatur secara bergiliran, dengan petugas imam berasal dari guru tenaga kependidikan putra. Pembagian jadwal ini bertujuan untuk melatih tanggung jawab sekaligus memperkuat kedisiplinan dalam beribadah.

Kebersihan musholla selalu dijaga dengan baik melalui jadwal piket rutin yang melibatkan siswa. Air untuk keperluan wudu tersedia dengan memadai, sehingga seluruh jamaah dapat beribadah dengan nyaman. Lingkungan musholla yang bersih dan terawat mencerminkan semangat gotong royong seluruh warga madrasah dalam menjaga sarana ibadah bersama.
Dengan adanya musholla ini, Madrasah Ibtidaiyah Negeri 1 Kulon Progo tidak hanya menjadi tempat belajar ilmu pengetahuan, tetapi juga menjadi wadah pembinaan akhlak dan penguatan iman bagi seluruh warga sekolah.